Hola oscaralberto,
Excelente trabajo en el diseño de tu interfaz.
Lo que comentas es un problema muy común, y que a mí me afecta mucho también. Yo realizo muchos cambios en los
templates de OJS:
http://revistas.um.es.
Yo lo que hago es marcar los archivos que modifico, con algún comentario que contenga una palabra clave para mí. Cuando toca actualizar lo hago por "Full package", es decir, una instalación nueva y me tocaría volver a hacer los cambios en los ficheros.
Lanzo una búsqueda de mi palabra clave en mi copia de seguridad de OJS, y así tengo exactamente qué archivos son y qué modificar.
En el repositorio de OJS de PKP miro si alguno de estos ficheros ha sido modificado desde la anterior versión que tenía instalada, y si no ha sido así, sólo tengo que sustituir el fichero de mi copia de seguridad por el de la nueva instalación. Por lo que, en la práctica, el número de ficheros a modificar manualmente en la nueva instalación se reduce bastante.
Me suele llevar una mañana realizar la actualización.
Saludos.